本发明公开了一种电力系统二次设备网络对时系统及方法，其特征在于，包括CPU，FPGA，物理层网卡芯片PHY，恒温晶振OCXO；所述CPU与FPGA通过PCIE总线连接；所述FPGA包括通过FPGA实现的以太网媒体访问控制器MAC和硬件时间戳探测及生成模块和锁相回路PLL；通过网络对时输入，过滤报文并提高报文对时同步精度，采用FPGA给报文添加硬件时间戳，网络对时同步，网络对时输出的对时方法，本发明以FPGA为核心，可以在不变更硬件结构的条件下，使用较低的成本实现多通道的高精度网络对时；同时通过PLL锁相回路以及加盖在MII层的硬件时间戳技术，还可以大大提高网络对时精度；扩展性能强。