本发明公开了硅氧烷改性植物油高分子聚醚消泡剂及其制备方法，包括以下步骤：利用环氧植物油与硅油反应，将硅氧烷链引入植物油分子链中，得到硅氧烷改性植物油多元醇；将硅氧烷改性植物油多元醇在氢氧化钾甲醇溶液中发生酯交换反应得到硅氧烷改性植物油甲酯；通过硅氧烷改性植物油甲酯与环氧乙烷和环氧丙烷开环聚合得到硅氧烷改性植物油高分子聚醚消泡剂。本发明的消泡剂解决了植物油消泡剂亲水洗差、破泡率低的缺点，乳液性能稳定，水分散性能好，无毒无生理活性。为绿色环保型消泡剂的合成提供新的思路，也为食品级消泡剂提供更多新的选择。