本发明公开了一种光催化水生态综合治理河道的方法，包括以下步骤：1)确定待治理河道的上下游范围，在河道上分别拦筑水坝，形成上游水坝(3.1)和下游水坝(3.2)；2)自排污口(2)处往下游方向，在河道(1)中沿岸设置隔水屏(5)；3)在导流槽(5)中，依次布置有微生物接触氧化区(6)、第一光催化区(7)和第一植物区(8)；4)上游水坝后的主河道内布置第二光催化区(9)，所述的第二光催化区(9)内也设置光催化网，在主河道两侧布置第二植物区(10)。本发明采用隔离治理的方法，有效地防止排污口污水被稀释而增加治理难度，节约了治理成本。(4)，从而在隔水屏(4)与河岸之间形成导流槽