本发明公开了一种转脂滴包被蛋白基因的粉红螺旋聚孢霉工程菌株及其应用，该工程菌株命名为Cr‑per44，在中国微生物菌种管理委员会普通微生物中心的保藏登记号为CGMCC No.10028，该工程菌株通过原生质体转化，将寄生相关基因‑脂滴包被蛋白基因Per3转入粉红螺旋聚孢霉HLD‑1菌株中获得，本发明的工程菌株Cr‑per44抗病性能强、防效稳定，能够有效防治农作物菌核病和灰霉病，同时对枯萎病、根腐等多种植物真菌病害也有较好的防治作用。