本发明公开了一种含丙硫菌唑和乙嘧酚磺酸酯的杀菌组合物及其应用。该杀菌组合物以丙硫菌唑和乙嘧酚磺酸酯为主要有效成分。该杀菌组合物可应用于防治禾谷类、果树、蔬菜病害，具有较高的协同增效作用，克服和延缓了病菌的抗药性，杀菌速度快、持效期长、降低了应用成本，防治效果明显优于其单剂使用。本发明可以用于防治农作物上的真菌性病害，尤其可以用于防治纹枯病、枯萎病、叶斑病、锈病、菌核病、网斑病、云纹病、灰霉病、黑斑病、褐斑病、黑胫病、白粉病、早晚疫病、炭疽病、霜霉病和果树轮纹病效果好于单剂使用。