本发明公开了一种检测样品中副溶血性弧菌活菌体的方法，该方法包括：（1）将能够特异地与副溶血性弧菌活菌体结合的抗体偶联在磁球上，得到免疫磁球；所述能够特异地与副溶血性弧菌活菌体结合的抗体不能与死菌体结合；（2）将免疫磁球与液体形式的待测样品进行混合，得到混合后的物料；混合的条件使得当待测样品中存在副溶血性弧菌活菌体时，免疫磁球能够特异性地吸附副溶血性弧菌活菌体；（3）将所述混合后的物料置于分选磁场中以固定免疫磁球，并洗脱未吸附在免疫磁球上的物质，得到洗脱后的免疫磁球；（4）将吸附在免疫磁球上的物质进行提取DNA的操作，得到模板样品；（5）使用针对所述副溶血性弧菌活菌体的特异性引物对模板样品进行PCR扩增，并根据PCR扩增产物中的目的片段的含量判断待测样品中的副溶血性弧菌活菌体的含量。