本发明属于自治水下航行器领域，具体地说是一种自治水下航行器的回收系统及其回收方法，回收系统包括母船、A型架、起吊锁及分别安装在自治水下航行器上的抛绳器和起吊环，自治水下航行器完成使命任务后，通过抛绳器从其艏部抛出一牵引绳，母船工作人员将牵引绳通过捞绳器捞起，然后穿过母船艉部的A型架，人工拖带自治水下航行器在海面上航行以克服海浪影响；用端部安装有起吊锁的回收杆依次对准前后起吊环，实现起吊锁和起吊环的对接，然后通过A型架起吊自治水下航行器，实现整个回收过程。本发明具有结构简单、安全可靠、操作方便，受海况影响小，不用对母船进行任何改造的特点。