本发明涉及变性淀粉技术领域，具体地说是一种机械活化‑微波固相法制备脂肪酸淀粉酯的方法。该方法是将淀粉与脂肪酸按一定比例混匀，加入球磨机中进行机械活化并滴加催化剂同步进行第一次酯化反应，得到初级淀粉酯，取出，调节含水量后进行微波加热进行第二次酯化反应，得到高取代度淀粉酯，最后用乙醇洗涤、烘干得到脂肪酸淀粉酯。本发明制备方法使淀粉和脂肪酸发生两次酯化反应，产物淀粉酯的取代度较高，性能更加优良，且本方法工艺简单，反应条件温和，操作容易，不污染环境，成本低，适于工业生产。