本发明提供一种识别定位无效条码的方法及系统，其中的方法包括：根据扫码器所读取到的条码数据识别无效条码，扫码器所读取到的条码数据为在控制器所发出的开始扫码指令至结束扫码指令的时间段内扫码器所读取到的条码数量；当识别到存在无效条码时，根据控制器发出开始扫码指令的时间、扫码器读取每条条码的时间和预先配置的时间段定位无效条码在自动传送装置上的工装中的位置；其中，预先配置的时间段为自动传送装置上的工装所承载的各个产品从自动传送装置的开始点运行到扫码器的标准运行时间。通过本发明能够自动识别定位无效条码的位置，从而在实现自动扫码的同时，提高扫码的效率，为企业节省人力支出成本。