本发明涉及一种磁分离装置，包括清洗转盘机构、磁铁结构、混匀机构、清洗针机构，所述清洗转盘机构、混匀机构、清洗针机构均与控制器连接。本发明所述的优越效果在于：所述磁铁结构固定位于反应杯的内侧面，通过磁铁结构的吸附位置能够保障磁铁块的吸附面积与吸附时间；混匀机构通过同一自转步进电机和自转同步带同步驱动，实现多个反应杯中清洗液的同时自转混匀，洗涤效率得到极大提升，所述磁分离装置在保证清洗效果的情况下，加快检测速度，简化了仪器结构，具有广阔的前景。