本发明提供一种基于公钥算法和SSL协议的多集群Hadoop系统安全优化方法，包括以下步骤：用户登录主节点时对用户进行身份信息认证；主节点向CA服务器申请并获得代理证书；主节点创建从节点列表，并确定主节点身份信息；主节点与从节点之间进行双向身份认证；多集群Hadoop系统执行用户提交的作业；终止用户提交的作业。本发明能够有效地实现跨越多个集群环境运行的Hadoop系统的用户身份认证和网络攻击防护，弥补了单集群Hadoop系统原有安全机制运行于多个集群环境时的不足之处，与单集群Hadoop系统原有安全防护机制共同构成了多集群Hadoop系统的完整安全防护。