本发明提供一种全自动微生物检测富集系统及其富集方法，通过工控机控制传送装置将一预置操作工位上的待检样品、含有培养物的培养基、集菌专用的带有管路的滤器和滤器封堵头，依次传入灭菌舱、外包装除去舱、内包装脱除舱、富集操作舱、缓冲舱、阳性菌加注舱中以进行相应的操作，对待检样品中的微生物进行富集。已达到全自动化地对待检样品中的微生物进行富集，无需人工操作，省时省力，且能有效避免由于人为因素的影响而造成的假阳性或假阴性的结果，实现富集过程的无菌全自动操作，具有检测准确的实质效果，富集过程中不易出错，且在富集操作时可连续工作，无需在停止富集操作后对富集操作舱暂停杀菌，具有较高实施效果。