本发明公开了基于冗余技术的数据中心短流加速方法和系统，方法包括周期性运行冗余流数量分配模块的步骤，和为应用程序短流分配冗余流数量，并通过路径碰撞避免方法获得路径不重叠的源端口号集合来创建原始流和对应数量的冗余流的步骤；系统包括负责选择冗余流数量的冗余流数量分配模块、负责避免原始流和冗余流之间发生路径重叠的路径碰撞避免模块、数据库，和用于向应用程序提供建立TCP流的调用接口，并根据冗余流数目调用路径碰撞避免模块获得路径不重叠的源端口号集合来创建原始流和对应数量冗余流的主模块。避免了原始流及冗余流之间发生路径重叠；并对不同大小的短流分配不同数量的冗余流，等价路径利用合理，更为高效、易部署、负载低。