本发明公开了一种从烟草烟杈中提取游离氨基酸的方法，先配制PEG聚合物质量分数为20％～30％、无机盐质量分数为15％～25％的双水相萃取液，再将烟杈粉末和双水相萃取液按照质量比1:10加入闪式提取器中，室温条件下萃取30～60s，过滤，滤液静置分相，将双水相的上层提取液吸取出来，真空浓缩得到5～10ml浓缩液；将浓缩液缓慢倒入用盐酸处理过的强酸性阳离子交换树脂中，停留10～15min后，先用蒸馏水洗涤，然后用氨水洗脱交换柱，将洗脱液真空浓缩至干，得到氨基酸纯品。本发明采用闪式提取结合双水相萃取技术提取分离烟杈中的游离氨基酸，不需要多次提取过程，使用溶剂较少，提取效果好，所得氨基酸纯度可达96％左右。