本发明涉及一种基于海底泵控压的钻井系统及钻井方法，其特征在于：它包括一钻井船，钻井船上设置一钻井液供给装置和一控制装置，钻井液供给装置通过一液管汇连接一水龙头的进液端，水龙头固定连接在一设置在钻井船中部的井架上，其出液端转动连接一钻杆顶端，钻杆的底端紧固连接一钻头，钻杆下部套设一吸入模块，吸入模块的外管壁上对称设置有两管道，在一侧管道上设置有一节流阀，控制装置电连接一位于钻井船上的电气装置，电气装置通过一控制与动力管线电连接一电机，电机的输出端连接一海底泵，海底泵的入口处连接一软管，且在入口处设置一压力流量传感器。本发明能够利用控制台装置通过控制与动力管线对节流阀的开度和海底泵的转速进行调节，实现海底钻井井口压力稳定，从而控制因天然气水合物引起的井控风险。