本发明涉及一种SDN网络中的数据报文转发方法和系统，包括：下级控制器接收报头信息，当在本地未查找到目标虚拟机时，查询源虚拟机与第一虚拟交换机连接的第一关联端口信息，用于上级控制器获取第一域虚拟交换机上与第一关联端口对应的第一端口信息和目标虚拟机与第二域虚拟交换机连接的第二端口信息，获取第一域虚拟交换机与第二域虚拟交换机相互通信的第一上行接口信息和第二上行接口信息，生成第一流表信息和第二流表信息，第一流表信息用于指示数据报文从第一端口收到后通过第一上行接口发出，第二流表信息用于指示数据报文从第二上行接口收到后通过所述第二端口发出。由此，可以保证各层控制器上部署的控制逻辑保持相同。