本发明属于船舶工程、控制科学与控制工程领域，具体涉及一种基于数据驱动的抑制船舶航向扰动的控制方法。本发明是这样实现的：基于全状态观测器类的残差生成器模块输入端接收实际船舶航行艏、横摇角信号，控制信号，输出横摇角残差信号和艏摇角残差信号；两种残差信号和航向期望值经Youla参数化控制器处理：Youla参数化控制器输出端连接舵机伺服系统的输入端。本发明充分利用数据驱动的控制方法，在保持船舶运动不偏航的前提下，有效抑制了海浪干扰。本发明专利结构简单，易于实现，能很好满足实际工程应用的需要。