本发明提供一种深度脱除甲基叔丁基醚中有机硫化物的装置及方法。包括高压多效精馏塔、中压多效精馏塔、常压多效精馏塔、萃取精馏塔和萃取剂回收塔串联；每座塔塔顶设置有冷凝器，塔底设置有再沸器；每座塔塔底物料出口通过管线连接下一个塔中部的物料进口；多效精馏塔塔顶共蒸出90?95％MTBE合格产品，在萃取剂作用下，有机硫化物被富集在萃取精馏塔塔底，塔顶蒸出的剩余MTBE返回原料罐循环；通过合理的换热网络设计，将塔顶蒸汽和萃取剂热量充分利用，降低脱硫过程能耗；通过多效精馏和萃取精馏耦合方法生产的MTBE总硫含量小于10ppm，满足深度脱硫要求，MTBE总回收率可达99.8％，且理论节能效率高达53％。