本发明公开了一种家禽养殖的全自动网床下发酵床翻耙系统，包括发酵床槽、转运车、转运轨道、行走轨道以及自动控制系统，转运轨道上设有限位开关、限位块和定位槽，以实现转运车与发酵床的精确对位，转运车两侧上沿和发酵床槽体两侧墙体的上沿分别设有行走轨道，同一整体的行走轨道两端设有限位开关；自动控制系统包括滑触线控制开关和信号采集处理系统，信号采集处理系统包括控制单元、无线信号收发机、非接触式IC卡的发射端、接收端及限位开关。本发明成功实现了一台翻耙机对不同舍内发酵床垫料进行翻靶的全自动化，从而大大降低了养殖企业的人工劳动力成本，有助于发酵床结合网上养殖新技术在规模化、集约化畜禽养殖企业中推广应用。