本发明涉及一种无定形磷酸钙纳米球及其制备方法。该方法包括下述步骤：1)将钙盐和磷酸盐溶于酸性溶液中，然后加入稳定剂得到混合溶液；2)利用空气压缩雾化器将混合溶液喷成微小液滴气雾，将气雾在一定流速的氮气气氛下经过螺旋管后吹入碱性缓冲溶液中，过滤得到无定形磷酸钙纳米球沉淀；3)将步骤2)得到的无定形磷酸钙纳米球洗涤、干燥得到无定形磷酸钙纳米球。本发明制得的无定形磷酸钙纳米球直径100nm以下，部分直径40nm以下，更便于促进牙本质胶原纤维再矿化，Ca/P比可调，形态呈较规则球形，可在水溶液中稳定存在200h左右，适于装载药物或参与仿生矿化。本发明装置组装简单，制备简易可行，便于最终实现大规模生产。