本发明公开了一种用于移动智能设备的安全生物特征识别系统，包括应用操作系统以及安全操作系统；应用操作系统包括用于执行应用操作系统端标准化API过程调用的应用代理服务接口单元；安全操作系统包括用于执行安全操作系统端标准化API过程调用的安全应用代理服务接口单元、用于执行安全操作系统端的数据和代码计算的安全计算单元、用于提供安全操作系统端数据和代码的存储空间，并保证安全计算单元通过独立安全地址总线访问的安全存储单元、用于提供安全操作系统端数据和代码的内存空间，并保证安全计算单元通过独立安全地址总线访问的安全内存单元。