本发明公开一种基于透明计算的信息安全设备一体化管理方法及系统，适用于信息系统安全员对信息安全设备的管理过程。信息安全设备一体化管理方法包括透明计算一体化管理平台初始化阶段、用户操作阶段、透明计算迁移阶段等三个步骤，信息安全设备一体化管理系统包括透明计算客户端子系统、透明计算一体化管理子系统和信息安全子系统。本方法突破操作系统、设备多样性、安全策略不统一的瓶颈，实现从端到端的透明式管理，减少因安全策略、安全技术等多方面任务带给信息安全设备管理的复杂程度。