本发明涉及一种新的R-9-（2-羟丙基）腺嘌呤的纯化处理工艺，R-9-（2-羟丙基）腺嘌呤由腺嘌呤和R-碳酸丙烯酯在碱性条件下制得，本发明中将反应后的溶剂DMF减压蒸出套用，向剩余物中加甲苯析出粗品，粗品收率大于90%，然后粗品用PRP-6A树脂色谱分离，洗脱剂为乙醇水，首先洗脱下来的是异构体II，其次洗脱下来的是R-9-（2-羟丙基）腺嘌呤I，分别收集两种产品的洗脱液，减压浓缩蒸干，得白色结晶粉沫R-9-(2-羟丙基)腺嘌呤I，纯度大于99%，分离收率大于90%，异构体II纯度大于99%，分离收率大于90%。本发明工艺处理简单，树脂色谱柱可重复利用多次而不影响分离效果，洗脱剂可反复循环套用，大大降低了分离成本，得到两种产品，产品纯度高，总收率大于80%，产生废水少，适合工业化生产。