一种轨道交通辅助追踪预警防撞系统及其追踪预警方法，轨道交通辅助追踪预警防撞系统，包含分别设置在列车头部和列车尾部的两套完全相同的轨道交通辅助追踪预警设备，每个轨道交通辅助追踪预警设备包含车载设备和设置在列车状态可能发生变化的轨道位置处的RFID标签，车载设备包含主控模块，以及分别电性连接主控模块的二次雷达探测模块、RFID信息读写模块、显示示警终端和电源模块，追踪预警方法采用线性调频脉冲压缩及信号编码取平均方法提高测距准确性；对各目标车辆距离信息分类、滤波建立稳定跟踪，提高了抗干扰性能；融合了列车运行状态自动识别和手动设置双重功能，以适应更多行车工况。