本发明涉及一种用于蛋白质和肽段分离的有机-无机杂化整体柱及其制备方法。所述的有机-无机杂化整体柱是以烷基三甲（乙）氧基硅烷类和胺基桥联三甲（乙）氧基硅烷类作为硅烷化前体，采用碱催化溶胶凝胶方法制备所得。基于胺基桥联三甲（乙）氧基硅烷，此材料具有以下优点：(1)骨架结构上的Si-C键可提高材料的机械强度及化学稳定性；(2)骨架结构上的胺基可抑制残留硅羟基的非特异性吸附，从而改善蛋白质和肽段分离的色谱峰型，提高峰容量；(3)胺基为弱带电的极性基团，可改善蛋白质和肽段分离的选择性。