本发明提供了一种提取分离二氢红花菜豆酸的方法，该方法包括以下步骤：利用乙醇对广金钱草进行回流提取，获得广金钱草提取物；利用醇体系对提取物进行多级色谱分离，其中包括，利用第一醇体系对提取物进行第一色谱分离，获得第一分离部分，利用第二醇体系对第一分离部分进行第二色谱分离，获得第二分离部分，利用第三醇体系对第二分离部分进行第三色谱分离，以获得所述二氢红花菜豆酸。本发明还提供一种实施上述方法的系统。利用本发明的方法和/或系统从广金钱草中分离提取二氢红花菜豆酸，工艺操作简单，生产时间短，产品收率高，纯度高，能够获得纯度达到98％以上的二氢红花菜豆酸。