本发明涉及用于分析总膳食纤维的自动化方法和系统。本发明由用于测定在食品和饲料样品中的总膳食纤维(TDF)及其亚部分不溶性膳食纤维(IDF)和可溶性膳食纤维(SDF)的方法组成，所述方法利用柔性反应/过滤容器，可将该容器分成一个或多个部分，用于单独捕获IDF和SDF部分或作为整体捕获TDF。将每个容器作成袋，其可在多个位置被临时密封以产生多个部分，并且由非多孔和多孔材料制成。使用这些容器消除了将混合物从烧杯转移到过滤器的需求问题，并且大大地改进了过滤过程。