本发明公开了一种基于射线源在轨标定系统的探测器探测效率标定的方法。射线源在轨标定系统包括：地面控制系统、星载中央控制器、光子计数器、探测器、探测器真空与温度控制系统、转台、真空门、射线源以及射线源真空与温度控制系统；本发明通过在真空门开启前后、射线源开启前对系统的设备进行噪声探测；通过转台调整探测器的探测方向，对射线源进行探测，并且对Crab源在方位和俯仰不同的探测角度进行探测；使用本发明能够获得可靠性高的噪声测试数据，实现对探测器进行全方位噪声测试与分析，通过测量的数据反向推演噪声的来源，完成对探测器探测效率的标定。