本发明提供一种移动设备的电源保护系统及方法。系统包括：包含与电源适配器和电池相连的输入端、且具有输出端和使能端的充电单元，用于当确定由电源适配器向电池充电时输出选通信号；处理单元，用于当监测到有启动硬件指令时，不予输出允许充电信号，并延时启动相应硬件；和当监测到有停止硬件指令时，停止相应硬件，并延时输出允许充电信号；包括分别与充电单元的输出端和处理单元的输出端连接的两个输入端、且输出端连接充电单元的使能端的保护单元，用于通过分析两输出端的信号，确定是否向使能端输出允许向电池充电的使能信号；若输出使能信号，则向电池充电。本发明能够防止电源适配器向电池充电过程中硬件启动和停止对充电电路的电流冲击。