本发明公开了一种强透水地层深基坑封底止水结构，包括地下连续墙、水下素砼板、钢筋砼隔墙、抗拔桩和内支撑，地下连续墙通过浇筑设置在基坑周围，所述的内支撑支撑在地下连续墙上，所述的地下连续墙下方基坑上通过浇筑形成钢筋砼隔墙，每两面所述的钢筋砼隔墙与地下连续墙围合在基底形成浇筑仓，在仓内基底下方浇筑有抗拔桩，在钢筋砼隔墙与地下连续墙围合的每个仓口通过浇筑形成水下素砼板，所述的抗拔桩嵌固在水下素砼板内。水下素砼板增大了坑底整体强度和刚度，具备坑底加固和防渗双重功效，可有效解决高承压水对坑底稳定性影响和基坑开挖引起的坑底隆起，同时较好地降低坑壁侧向位移和周围环境的沉降变形。