本发明提供一种深紫外激光器与光发射电子显微镜的对接系统，包括依次连接的真空密封管路、第二柔性密封管路、入射透镜和第一柔性密封管路，真空密封管路用于连接深紫外激光器，第一柔性密封管路用于连接光发射电子显微镜，本发明通过在第一柔性密封管路和/或第二柔性密封管路的旁侧附设调节机构，从而使得通过调节机构与第一柔性密封管路的配合和/或调节机构与第二柔性密封管路的配合实现对入射窗口沿轴向的一维调节以及沿倾斜角度方向的二维调节，解决了现有技术中因装配误差存在的倾斜角度偏差无法调节的问题，方便了激光对准样品。