本发明公开了一种变压器保护中和应涌流的鉴别方法，解决了准确鉴别变压器故障电流与和应涌流的难题。当A相相差电流幅值大于或等于变压器的差动保护动作电流整定值Idza，并且，高压侧A相二次电流基波相角与中压侧A相二次电流基波相角差大于90度时，为变压器区内故障电流；当A相相差电流幅值大于或等于变压器的差动保护动作电流整定值Idza，并且，高压侧A相二次电流基波相角与中压侧A相二次电流基波相角差小于等于90度时，为变压器区外故障电流或和应涌流。本发明能准确鉴别变压器故障电流与和应涌流，避免了变压器差动保护的误动作，保证了电网主设备的正常运行。