本发明涉及一种基于线路两端电压相位差的时间同步方法及系统，对故障时线路故障相两端的电压波形之间的相位差与故障前线路故障相两端的电压波形之间的相位差进行比较，当故障前线路故障相两端的电压波形之间的相位差与故障时线路故障相两端的电压波形之间的相位差不相等时，说明故障时线路故障相两端的电压波形时间不同步，通过调整故障时线路故障相两端的电压波形以实现故障时线路故障相两端的电压波形的时间同步，为正确分析故障原因、及时处理故障以及确认保护系统动作的正确性提供了可靠的数据。利用同步后的故障时线路故障相两端的电压波形，可对故障进行准确分析，从而提高故障分析准确性。