本发明公开一种下载配置代码的方法，应用于计时器/计数器控制寄存器中，所述方法包括通过计时器/计数器控制寄存器的第一预设接口获取第一启动代码；根据获取的第一启动代码计算第一校验码；判定计算得到的第一校验码与第一标准校验码是否相同；当两者相同时，通过第一预设接口从第一预设接口连接的存储器件中下载配置代码；当两者不同时，通过计时器/计数器控制寄存器的第二预设接口从第二预设接口连接的存储器件中下载配置代码。因此，本发明提高了计算器/计算器控制寄存器使用的灵活性。本发明还提供了一种下载配置代码的系统及计时器/计数器控制寄存器。