本发明公开了一种医疗核磁共振水冷机组控制系统，包括：控制系统和电控箱，其中，所述的控制系统包括手操器和控制模块，所述控制模块包括机组初始化模块、供水温度、流量控制模块、报警模块、清除历史记录模块、数据查看模块、工厂设置模块和控制器，所述控制系统和电控箱连接，所述控制模块与手操器连接。本发明中所述的医疗核磁共振水冷机组控制系统，其通过手操器和控制模块连接，让其能够最大程度的方便工作人员进行操作，同时，控制模块中的各个功能模块的设置，能够很好的对水冷机组进行的运行情况进行适时的监测和管理，让其不仅能够数据的储存和管理等提高了该水冷机组的实用性，使得其功能更加的完善，从而有效的保证了其冷却的效果。