本发明公开了一种用于核酸合成的384孔固相合成反应装置的制造方法，制造的384孔固相合成反应装置可重复使用，降低成本，其步骤为：1、合成仪反应腔室测绘，精确测绘768通道核酸合成仪反应腔室；2、定位,精准定位768通道核酸合成仪试剂出口位置；3、精车,根据测绘数据，对硬质peek板材按实际要求精车加工；4、刻标,在384孔固相合成反应装置的X和Y轴边围分别印刻1、2、3…22、23、24，A、B、C…N、O、P作为孔定位标识,本发明制备的产品，精确度高，可以重复使用，装置投资少，成本低。