本发明涉及生物信息技术领域，公开了一种香型可可育种材料的鉴定方法。本发明所述鉴定方法包括：1)可可样品中香气组分的检测；2)可可样品中香气物质的鉴定与数据矩阵的建立；3)计算香型可可与普通可可样品间的香气组成的平均欧氏距离，并利用组间平均距离法进行香型可可与普通可可聚类分析；4)未知可可材料的快速识别。本发明提供的鉴定方法，可广泛用于可可选育种中香型材料的快速鉴定和市场上香型可可豆的真伪识别，其分析时间短，准确率高，实用性强，解决了可可选育种中香型可可材料鉴定技术缺乏、鉴定难度大、耗时长的问题。