本发明涉及一种用于高通量菌落挑选的96探针，由上主体和下主体组成，上主体内布有纵向8、横向12排列的96个竖向活塞杆通道，活塞杆通道内装有活塞杆，使活塞杆通道形成上、下密封空腔，每排纵向8个上密封空腔相互连通，并通过横向进气孔连接第一电磁阀，用于控制横向进气孔内通气与断气，每排横向12个下密封空腔相互连通，并通过纵向进气孔连接第二电磁阀，用于控制纵向进气孔内通气与断气，下主体内布有与上主体内的活塞杆通道相对应排列的96个挑选针通道，挑选针通道内装有挑选针，挑选针通道与挑选针之间装有复位弹簧；所述第一电磁阀和第二电磁阀连接气泵。本发明配套应用于菌落挑选的自动化机械、机器人的操作末端，实现自动化菌落挑选。