本发明所提供一种基于hadoop异构存储的数据存储方法及系统，其首先，获取数据在一段时间内被访问频率；其次，根据所述被访问频率，查找预先设置与所述被访问频率对应的数据存储硬盘，确定为所述被访问频率数据的存储硬盘；最后，根据所述被访问频率数据的存储硬盘，将所述数据迁移至所述数据存储硬盘。通过获取数据在最近一段时间内使用频率，根椐数据的使用频率不同，自动将hadoop数据分级存储，将使用频率高的数据存放在SSD高速硬盘，将使用频率高中等的数据放在高速机械硬盘上，将使用频率低的数据存放在低速机械硬盘上，提升系统的整体性能。