本发明公开了一种变压器台账数据校验系统及其方法，该方法包括分别采集站内设备台账信息和电站内设备台账非标准信息，传送至服务器；采用字符串形式对站内设备台账标准信息和站内设备台账非标准信息进行编码；对编码后的站内设备台账非标准信息中的变电站信息与站内设备台账标准信息中的变电站信息进行一对一字符匹配；在变电站信息匹配的基础上，根据预设变电站与变压器的所属关系，查询获取相应变电站下的变压器台账列表；对获取的变压器台账列表进行变压器属性的比对，得到匹配程度值不同的变压器台账信息；将同一匹配程度值的变压器分为同一类变压器中；以台账对应表形式存储同一类的变压器台账信息，并结束变压器台账数据校验。