本发明公开了一种全膜工艺生产菊粉色素、苦素去除方法，其步骤如下：一、将菊苣水提取液经超滤膜截留，去掉非菊粉成分的大分子，得到清液；二、纳滤膜预处理超滤膜清液，降低溶液里的盐分，在电导率低于1000S、酸度PH值6.5‑7，浓液合格；三、经纳滤膜预处理后的料液经大孔树脂进行脱色、脱苦处理，达到液体无色、无苦味，电导率低于200S；四、经大孔树脂脱色、脱苦处理后的料液经纳滤膜脱水、脱盐。本发明将膜法分离与大孔树脂吸附合理结合，达到菊苣生产菊粉脱色、脱苦的最佳效果，即同行业产品对比：苦味相同、色度最低、污染最少、固体菊粉收率最高，达到10％。