本发明公开了直流微网系统的控制方法及系统包括：获取本地直流电压，发电端口将本地直流电压与第一预定电压进行比较；不小于第一预定电压时，通过单向防饱和电压控制算法控制发电端口，小于预定电压时，控制发电端口处于预定状态；储能端口将本地直流电压与第二预定电压及第三预定电压进行比较；不小于第二预定电压时，通过单向比例电压控制算法控制储能端口，不大于第三预定电压时，控制储能端口处于单向比例电压控制状态，在第二预定电压及第三预定电压之间时，控制储能端口处于功率端口状态；并网端口实时检测交流电网侧三相电压的幅值及频率，幅值及频率稳定时，通过双向无差电压控制算法控制并网端口；因此响应速度快，可靠性高。