本发明公开了一种水包油型纳米乳佐剂及其MRSA纳米乳佐剂疫苗和制备方法，按质量百分比计包括如下组分：表面活性剂1‑30％；助表面活性剂0.1‑15％；油相0.1‑15％；水40％‑98.8％；该佐剂外观澄清透明液体，粒径在1‑100nm范围，粘度低，属于高度热力学稳定体系，高速离心稳定不分层；与疫苗配伍时可以包裹也直接物理混合使用，可通过肌肉注射、滴鼻等给药途径免疫。具有成本低、给药方便，避免交叉感染、毒性小，流动性好，对机体刺激性小等优点，从而有效提高疫苗的免疫效果和稳定性，具有广阔的应用前景。