本发明公开了一种微耕机链轮箱的装夹工具及其加工方法，本装夹工具结构简单，可以在组合机床上对微耕机链轮箱进行加工，加工工艺简单，成本较低。微耕机链轮箱的装夹工具，包括底座，底座一侧设定位条，定位条上设U型凹槽，底座另一侧设垫块，用于对链轮箱定位，还包括两个第一压紧装置以及若干第二压紧装置，用于压紧链轮箱，微耕机链轮箱的加工方法，步骤1，用微耕机链轮箱的装夹工具装夹微耕机链轮箱；步骤2，用第一压紧装置、第二压紧装置压紧；步骤3，用组合镗床镗削微耕机链轮箱的输入轴孔；步骤4，拆卸定位条；步骤5，装定位柱，用定位柱、垫块对微耕机链轮箱定位；步骤6，用组合镗床镗削微耕机链轮箱的输出轴孔。