本发明公开了一种间接充水含水层突水危险性综合评价方法及系统，属于矿业开采领域，方法包括：从井田的所有地质钻孔柱状图的相关信息中提取与每个钻孔相关的开孔坐标、煤层的煤层厚度和煤层底板标高、以及在煤层上方的间接充水含水层的含水层底板标高等关键信息，利用所提取的关键信息针对每个钻孔计算突水危险性指数和含水层的富水性指数，利用所述每个钻孔的开孔坐标以及相对应的突水危险性指数和富水性指数分别绘制突水危险性等值线图和富水性等值线图，然后利用井田的采掘工程平面图以及所绘制的突水危险性等值线图和富水性等值线图三者来评价所述井田的待开采工作面的突水危险性。