本发明提供一种NPC三电平15开关变换器控制系统，该NPC三电平15开关变换器控制系统包括NPC三电平15开关变换器、上端负载、下端负载、上端电压和上端电流检测电路、下端电压和下端电流检测电路、AD转换电路、dsPIC30F6010A控制电路和IGBT驱动电路。同时提供一种NPC三电平15开关变换器控制系统的控制方法。有益效果是采用该控制系统减少了九个开关器件及其驱动电路，该系统的拓扑结构在成本和体积上具有一定优势，将电压空间矢量从27个增加到64个，提高了系统的可控性，降低了系统输出的谐波含量。该控制系统可实现NPC三电平15开关变换器的同频和异频控制。