本发明公开了一种船舶防海生物控制系统，包括：中央处理器、变频器、海水泵、电解水箱和流量电磁阀；其中，中央处理器分别与变频器、电解水箱和流量电磁阀电连接。海水泵的第一端口与船舶的海底门连接，海水泵的第二端口与电解水箱的进水口连接；流量电磁阀的第一端口与电解水箱的出水口连接，流量电磁阀的第二端口与海底门连接；中央处理器用于根据变频器的输出转速和海水泵的泵效曲线，计算当前海水冷却系统的运行流量，并根据运行流量计算当前所需的电解量，再根据电解量，调整输出到所述电解水箱的电解电流。采用本发明实施例，在满足海水系统防海生物的前提下，降低防海生物系统的过度电解和污染，以降低船舶电力系统的能耗。