本发明公开了一种水稻专用肥及其制备方法，所述水稻专用肥包括纳米硅藻土、氮肥、磷肥、钾肥和辅料，各组分质量份数为：纳米硅藻土0.1‑5质量份、氮肥10‑30质量份、磷肥8‑30质量份、钾肥5‑25质量份和辅料5‑80质量份；将上述组分混合即可得到所述水稻专用肥，所述水稻专用肥中使用纳米硅藻土作为硅肥，能够促进活化土壤中的营养物质，减少营养物质在土壤中的固定，并促进农作物吸收土壤中的营养物质，在作物体内的运转，从而提高水稻结实率，而且硅是品质元素，能有效改善大米的品质。