本发明公开了一种多腔室粪便取样容器及分析方法，取样容器包括容器本体，所述容器本体内设有第一分隔壁和第二分隔壁将容器本体内空间分为取样杆容纳空间、试纸容纳空间和稀释液容纳空间，所述容器本体顶部设有盖部，盖部上设有取样杆，取样杆容纳空间内还设有搅拌球；第一分隔壁上设有第一孔部，第一孔部密封有第一薄膜，第一薄膜上设有第一铁块；第二分隔壁上设有第二孔部，第二孔部上密封有第二薄膜，第二薄膜上设有第二铁块；容器本体外设有第一、二、三、四电磁铁部；试纸容纳空间还通过出液管路与废液容器联通，出液管路上设有电磁阀；本发明的装置和方法能够很方便地处理粪便样本，不易产生污染。