本发明公开了一种含嘧菌胺和噁唑菌酮的杀菌组合物及其应用。该杀菌组合物以嘧菌胺和噁唑菌酮为主要有效成分，其中嘧菌胺与噁唑菌酮的质量比为1～70：1～50。该杀菌组合物可应用于防治禾谷类、果树、蔬菜病害，具有较高的协同增效作用，克服和延缓了病菌的抗药性，杀菌速度快、持效期长、降低了应用成本，防治效果明显优于其单剂使用。本发明可以用于防治农作物上的真菌性病害，尤其可以用于防治灰霉病、褐腐病、黑星病、白粉病、锈病、颖枯病、网斑病、霜霉病、晚疫病等真菌病害，效果好于单剂使用。